대통령의 영향력이 부당하게 작용할 가능성이 있기 때문이다. 대통령의 영향력이 직접 작용할 경우 중앙인사기관은 인사행정의 공정성과 중립성을 확보하지 못하여 엽관주의나 정실주의적 인사가 행하여질 가능성이 있다. 그리고 행정자치부가 종속단독형의 중앙인사기관으로 장관이 대통령에 의하여 수시로 교체될 수 있고, 그 때마다 인사정책이 바뀔 수 있어 인사행정의 계속성을 확보하기 어렵다.
넷째, 행정자치부는 과거 내무부의 집권적 인사기능을 상당부분 보유하고 있어 지방자치단체 인사기관의 자율성을 제약한다. 즉 행정자치부는 과거의 내무부가 가졌던 지방자치단체에 대한 집권적 인사기능, 즉 지방자치단체 공무원의 정원관리 신분보장 보수 및 연금, 지방공무원의 교육훈련 등 지방공무원의 인사운용에 관한 권한을 그대로 갖고 있어 지방자치단체 인사기관의 자율성이 확립될 수 없다.
다섯째, 중앙인사위원의 자격뿐 아니라 위원 개개인의 독립성은 인사위원회의 독립성을 확보하기 위해서 중요하다. 이를 위해서는 위원들간에 상하관계가 성립되지 아니하는 것이 바람직하며, 인사행정의 중요성을 생각할 때 위원들이 전적으로 인사업무에 종사하도록 할 필요가 있다. 이런 면에서 볼 때우리 나라의 중앙인사위원회의 구성은 문제점을 지니고 있다. 5인 구성 중 3인이 비상임 위원이고, 2명이 상임위원으로 구성되어 있는데, 3급 이상의 고위공무원의 인사를 담당하는 기관의 의사결정에 있어서 비상임 3인의 의견보다 상임 2인 위원의 의견이 더 비중 있게 취급될 쉬 있다. 비 상임위원 3인은 미흡한 정보의 기반 위에서 3급이상 공무원들의 인사에 관한 판단을 하여야 하기 때문에 독자적인 의견의 개진은 더욱 어려워질 수밖에 없다. 따라서 비상임 위원이 다수인 현재의 체제가 중앙인사기관으로서의 역할을 제대로 수행하기 위하여 겸임이 아닌 상임인사위원만으로 구성되는 것이 바람직하다.
여섯째, 현재의 구성방식에 있어서 또 한가지 문제는 상임위원간에 상하관계가 뚜렷이 규정되어 있다는 점이다. 상임위원 중 1인은 중앙인사위원장이며, 다른 1인은 인사위원회의 사무처장이 겸하도록 되어 있기 때문에 결국 상임위원간에도 독립적인 의견개진이 어렵도록 되어 있다. 이것은 위원간에는 평등을 요구하면서 위원장과 사무처장간이 인사위원을 겸직토록 한 현재의 제도는 겸직을 하지 않는 것으로 개선되어야 하며, 해당직위는 소위 '개방형'으로 운영하는 것이 전문성과 혁신 성을 동시에 추구할 수 있을 것이다.