발생하여 여러 가지 지구상의 기상이변을 일으켜왔다. 특히 1982-83년 발생한 기록적인 엘리뇨에 뒤이어 1997-98년 엘리뇨는 또 다른 기록적인 자연 현상으로 남을 것이다.
그러나 대기 과학자들은 최근 들어 엘리뇨가 연이어 발생 할 뿐만 아니라 강력해지는 것에 대해 더 관심을 갖고 있다. 즉 엘리뇨가 82-83, 86-87, 91-92, 92-93, 94-95년에 이어 이번까지 합하면 15년 동안무려 6회의 발생 빈도를 보이는 것과 산업혁명 이후 인간 활동에 의해 이산화탄소와 같은 온실 기체가 대기 중에 방출되면서 금세기 들어서 전구 평균기온이 0.6℃ 이상 상승한 최근의 기후 온난화와 어떤 연관이 있는 것이 아닌가 의심하고 있다.
엘리뇨 현상이 강화되면 태평양 상의 무역풍이 크게 약화되면서 높은 해수면 상태에 있는 서부 태평양 상의 따뜻한 바닷물이 낮은 동부 태평양으로 흐르게 되며, 해수면온도가 평년보다 상승, 중·고위도 지역에서 대기 대순환에 영향을 주게 된다.
이 결과 호주, 인도네시아에서는 대규모 가뭄, 인도에서는 여름 몬순 악화로 가뭄과 태풍활동이 강화되며 지역적인 집중호우가 빈번하게 발생한다. 미국 서부와 남부에서는 호우경향이 있으나, 그 영향의 강도와 대상지역의 변화가 매우 크다. 최근에 발생하는 엘리뇨는 미국 서해안의 폭풍과 홍수, 페루ㆍ칠레 일부 지역의 폭우와 어획고 감소, 인도ㆍ인도네시아ㆍ아프리카 일부 지역의 가뭄과 그로 인한 산불 등 큰 피해를 일으켜 농수산물의 가격 폭등을 초래하기도 한다.
엘리뇨 현상이 나타날 때 우리 나라는 대체로 여름 저온ㆍ겨울 고온 현상이 나타난다.