건립된 광주전남지방합동 청사로 입주함에 따라 광주지방노동청 기능직 10(방호원)급 정원 1명을 광주전남 지방합동청사관리소로 이체하여 고용노동부 총 정원은 5,727명에서 5,726명으로 1명 감소하였다.
제2차 개편(2009.2.26)은 체계적인 직업교육을 실시하여 청소년들의 직업관을 올바르게 정립하고 자신의 적성과 흥미에 맞는 직업을 선택할 수 있는 기회를 제공하고자 건립중인 “종합직업체험관” 설립운영단의 존속기간을 2010년 3월까지 1년 연장하는 것이었다. 동 운영단은 2006년부터 한시조직으로 운영 중에 있으며, 특히 2009년도에는 전시체험분야 실시설계, 제작설치 업체선정 및 건축공사 착공 등을 앞두고 있는 상황이었다.
제3차 개편(2009.5.1)은 유사기능이나 업무 연계가 필요한 기능을 통합하여 하부조직을 대과체제로 전환하고, 국정과제 추진 등 시급한 노동행정 수요에 대응하기 위해 노동부 소속기관인 지방노동관서의 부서 간 업무 재조정 및 인력 재배치를 통해 정원 26명을 본부로 전환 배치하는 것을 주요내용으로 하고 있다.
제3차 개편에서 고용정책실의 기업인력개발지원과와 직업능력개발지원과를 인적자원개발과로, 고령자고용과와 장애인고용과를 장애인고령자고용과로, 지역 고용개발팀과 사회적기업과를 지역고용사회적기업과로 각각 통합하고, 취약계층의 근로조건 보호정책의 연계를 강화하기 위해 근로기준국의 차별개선과를 고용 정책실 고용평등정책관 소속으로 하되, 명칭은 고용차별개선정책과로 변경하였다. 그리고, 기능과 부서 명칭을 일치시켜 내ㆍ외부 고객의 접근성을 강화하기 위하여 고용서비스기획과를 고용서비스정책과로 고용서비스지원과를 고용지원실업급여과로 각각 그 명칭을 변경하였다.
또한, 정책관 내 업무 연계 강화를 위하여 청년고용 대책과를 고용서비스정책관에서 고용정책관으로, 지역고용사회적기업과를 고용 정책관에서 고용서비스정책관 소관으로 각각 변경하였다. 노사협력정책국의 공공노사관계과는 대과원칙에 따라 폐지하고, 기능과 인력을 노사협력정책과로 이관하였다. 근로기준국의 근로조건지도과는 폐지하고 퇴직연금복지과는 임금복지과로 명칭을 변경하였으며, 산업안전보건국은 산업재해 예방에 행정역량을 집중할 수 있도록 사후 보상기능을 담당하는 산재보험과를 근로기준국으로 이관하였다.
이와 함께 홍보기획팀을 홍보담당관으로, 국제협상팀을 국제기구담당관으로, 정보화기획팀을 정보화담당관으로 각각 변경하고, 창의혁신담당관은 모든 부처가 공통 명칭을 사용토록 됨에 따라 행정관리담당관으로 변경하였다. 소속기관 중 지방노동관서는 부서 간 업무 연계를 강화하고 근로감독관들의 종합적인 업무 능력을 제고하기 위하여 노사지원과(30개) 및 고용평등과(6개)를 폐지하고 근로감독과로 통합하였으며, 통합 후 관리자의 통솔 범위와 업무수행 등 효율화를 위해 관리인력이 과다한 관서의 근로감독과 20개를 분과하였다.
또한 서울강남종합고용지원센터 기업지원과의 정원이 통솔범위를 벗어나 기업 지원1과 및 기업지원2과로 분과하였다. 본부의 정책기획 기능을 강화하기 위하여 소속기관 중 노동위원회 정원 11명, 지방노동관서 정원 15명을 본부로 이체하여 본부는 정원이 447명에서 473명으로 26명이 증가되고, 지방노동관서는 정원이 4,799명에서 4,784명으로 15명이 감소되었으며, 노동위원회는 372명에서 361명으로 11명이 감소되었다.
제3차 조직개편 결과 본부 조직은 34과 5팀에서 33과 1팀으로 1과 4팀이 감소하였으며, 지방노동관서의 하부조직은 총 267개 과에서 252개 과로 총 15개 과가 감소하였다. 제4차 개편(2009.8.6)은 범정부적으로 대과체제 전환이라는 제2차 정부조직 개편이 단행된지 불과 3개월이 경과되는 시점을 전ㆍ후하여 공공부문의 노사 관계가 현안으로 급부상하고, 공공부문 및 공무원ㆍ교원노사관계의 중요성이 날로 증대됨에 따라, 우선, 비직제 TF 형태인『공공노사관계정책단』을 구성하여 운영하였으나, 직제 상 근거없는 한시 TF로는 노사관계 선진화를 위한 업무 추진에 큰 어려움이 있었다.
이에 효율적인 업무추진을 뒷받침할 수 있도록 본부 정원 범위 내에서 노사협력정책국 아래 공공노사관계팀을 신설하였다. 이와 병행하여 여성, 고령자, 장애인근로자 관련 업무를 포함하여 기간제, 단시간, 파견 근로자 및 특수형태업무종사자 업무를 담당하고 있는 고용평등정책관실의 부담을 줄이고 업무 원활화를 위해 특수형태업무 종사자 관련 총괄ㆍ조정 업무를 근로기준국에서 수행하도록 조정하였다. 이는 고용평등정책관실이 비정규직법 개정 등 현안이 산적한 상황에서 화물연대 특수형태 업무종사자들과 건설노조가 연대한 대규모 집회 등으로 현안 사항에 효율적으로 대처하기 위한 분장기능 변경이었다.
또한 4차 개편에서는 근로조건이나 근로환경의 개선을 위한 지도ㆍ지원 등의 다양한 기능을 수행하는 지방노동관서의 근로감독과의 명칭이 통제적 특성만 부각된다는 지적에 따라 근로개선지도과로 명칭을 변경하여 업무의 궁극적 목적이 근로자의 근로조건을 개선하는데 있다는 것을 분명히 하였다. 제5차 개편(2009.10.15)은 정부 인력관리의 효율화를 위하여 업무영역이 축소된 사무직렬 기능직 공무원 26명을 감축하여 이들을 일반직 공무원으로 전환 가능 하도록 일반 행정직렬 정원을 증원하는 직제와 함께 지방노동관서에서 수행하는 사업체 비정규직 실태조사 및 고용동향조사 등 통계업무 원활화를 위해 일반 행정직 8ㆍ9급 13명을 통계직과 복수직화 하였다.
제6차 개편(2009.11.10)은 공무원 등 공공부문 노사관계업무에 보다 효율적으로 대처할 수 있도록 노사협력정책국장을 보좌하는 공공노사정책관을 신설하되 기존의 공공노사관계팀은 폐지하고, 정책관 아래 공무원노사관계과 및 공공기관 노사관계과를 신설하였다. 이는 공공부문 노사관계의 중요성이 사회전반에 미치는 영향이 날로 커지고, 특히 민간부문의 모범이 되어야 하는 공공기관의 경우 노사의 담합구조, 불합리한 관행 등으로 국민의 지탄과 함께 공공기관 선진화에 따른 갈등도 증폭되고 있는 상황에서 노사협력정책국장이 민간과 공공부문을 동시에 관장하고 있어 유관기관 등의 협력관계 구축에 한계가 있었기 때문이었다.