대금결제는 대부분 오프라인(신용장, 송금, 추심)에 의해 해결하거나 계좌이체, 신용카드 등의 B2C 결제수단에 의존하고 있어 국제 B2B 활성화의 가장 큰 걸림돌로 작용해오고 있다. 엄밀한 의미에서 온라인 결제수단이 갖춰지지 않은 전자무역은 진정한 의미의 전자무역이라 할 수 없을 것이다.
현재 국제B2B 거래 초기에 수출입 오퍼 및 인콰이어리만을 웹상에서 교환하고 물류결제 등 나머지 과정은 대부분 오프라인에 의해 처리하는 등 전통적인 기존의 무역방식을 사용하고 있는 대부분의 기업들은 전자무역 결제시스템의 문제점으로 ▲거래은행에 대한 제한, ▲거래 通貨에 대한 제한, ▲전자상거래의 프로세스와 금융서비스의 미통합으로 인한 생산성 저하, ▲전자상거래에 수반된 리스크를 관리할 수 있는 방안 부재, 새로운 형태의 거래형태를 지원할 금융서비스의 부재 등을 주로 지적하고 있다. 따라서 국제거래에 있어 통용되는 전자무역결제시스템 구축이 시급히 요구되며 이러한 전자결제시스템은 ▲신뢰할 수 있는 거래환경 ▲거래위험 회피수단 ▲부대비용 절감 ▲통합금융서비스 ▲은행간 자금결제 가능 등의 요건을 갖춰야 할 것으로 보인다.
3) 시스템 연동 및 보안, 표준문제
국제B2B 거래 프로세스는 상당히 복잡한 과정을 거친다. 따라서 네트워크를 통해 연결돼야 할 업체들이나 관련기관들(수입업자, 수출업자, 은행, 다양한 정부를 대표하는 관세당국, 화물 및 포워딩 업체, 선주 등)이 많기 때문에 국제간 상품거래 및 배송에 따른 문서 표준화, 물류, 금융 등 전자무역 관련 시스템 및 인프라들과의 연계가 필수적으로 이루어져야 한다. 그동안 기업과 마켓플레이스, 무역자동화시스템, 금융기관 등의 시스템간 연동 작업이 진행되고 있으나 아직 완전한 수준까지는 이르지 못하고 있다. 국내은행들의 무역결제인증시스템의 구축 및 무역시스템과의 연동도 이제 막 도입을 검토하거나 기초적인 서비스 개시 단계에 머무르고 있다.
정부는 국가 종합물류정보전산망 사업의 일환으로 지난 97년부터 화물운송정보시스템(CVO), 수출입물류정보시스템, 인터넷EDI시스템 등을 운용하고 있으나 개별 시스템간 연계 및 통합이 추진되지 않아 실제 이용률은 극히 저조한 상태이다. 종합물류정보전산망의 수출입일괄민원서비스는 통관, 금융, 보험 등 다른 전산망과 연계되지 않고 있으며, 화물추적서비스를 제공하는 수출입물류정보시스템 역시 해양수산부의 항만운영정보시스템 및 철도청의 철도운영정보시스템과 연계되지 않아 실시간 화물위치추적서비스가 제대로 시행되지 않고 있다.
전자적으로 무역을 하기 위해서는 우선 시스템이 호환성을 지녀야 하며 전자적으로 처리되는 상거래 방식도 상당부분 통일성을 갖추어야 한다. 신용장(LC)과 선하증권(BL) 등 각종 무역서류를 대신할 전자문서의 표준과 인증에 필요한 규칙도 정해야 한다. 그러나 국제B2B(전자무역)와 관련해서는 아직도 세계적인 표준이 미비한 상태이다. 솔루션도 사업자마다 서로 달라 서로 다른 솔루션을 이용하는 업체들간에 전자적으로 상거래를 하기가 곤란하다. 이처럼 전자무역(국제B2B)의 확산을 가로막는 걸림돌로서 각 국간, 시스템간 상이한 프로세스와 호환성 결여 문제를 해결하기 위하여 지급결제 분야뿐만 아니라 전자무역거래 프로세스 전반에 적용될 글로벌 스탠다드의 제정과 조속한 보급이 필수적이다. 수출입에서부터 관세, 대금결제 등 네트워크의 연계성을 이루기 위해 은행과 기업간, 은행간에도 국제용 결제시스템의 표준모델을 만들고 시스템 인터페이스와 무역 관련 문서들의 통일화 작업도 시급히 이루어져야 한다. 기타 국제B2B(전자무역) 거래 활성화를 가로막고 있는 네트워크의 보안문제(정보유출 등)도 해결해야 할 과제다.