여전히 신행정수도라는 용어를 사용하고 있어 혼란스러울 뿐만 아니라 사법부(헌법재판소, 대법원)이전에 관한 것은 지금까지 언급되지도 않고 있는 실정이다. 따라서 신행정수도가 어떤 유형의 수도로 할 것인지에 대한 정책방안이 조기에 심도 있게 논의되고 결정되어야 할 것이다.
둘째, 행정수도의 이전효과가 의문시된다는 것이다. 충청권으로의 신행정수도 이전은 다음 두 가지 점에서 수도권의 인구 및 기능분산과 지역 불균형발전 해소에 기대만큼 효과가 크지 않을 것으로 보인다. 첫째는 이전예정지가 서울로부터 근거리에 위치해 수도권의 집중억제에 별 도움을 주지 못한다는 점이다. 현재도 대전 둔산지구로 이전된 정부청사에 근무하는 공무원의 상당수는 서울에 가족을 두고 있다고 한다. 더욱이 경부고속철도가 2004년 4월에 개통되면, 서울역에서 천안역까지는 30분 시간거리로 연결되고 대전도 49분 거리로 가까워져 충청권의 대부분 지역은 서울의 실질적인 일일 생활권 또는 수도권으로 급속하게 흡수편입될 것이다. 다시 말해서, 충청권에 행정수도 건설은 수도권의 인구와 기능을 비수도권으로 분산하기보다는 기존 수도권의 확장 재생산만 초래할 가능성이 매우 크다는 것이다.
둘째는 신행정수도 한곳으로의 수도기능 집중이전은 충청권을 포함한 확대된 수도권으로의 새로운 집중을 불러일으켜 또 다른 형태의 국토 불균형 공간구조(특히 수도충청권과 영호남권간의 불균형 발전격차)를 낳을 우려가 커 지역균형발전의 해결 대안이 될 수 없다는 것이다. 따라서 행정수도의 이전위치와 이전방법(한곳으로의 집중이전과 몇 곳으로의 분산이전 방법)에 대해서도 깊은 연구와 논의가 뒤따라야 할 것이다.
셋째, 현시점이 행정수도 이전의 적기인가에 관한 의문이다. 현재 우리국토가 안고 있는 심각한 국토 불균형문제 해결 차원에서만 보면 현재도 적기로 볼 수 있다. 그러나 머지않아 실현될 통일한국의 새로운 구심점으로서의 통일수도의 필요성을 고려하면 적기로 볼 수 없다. 통일한국에서는 남북한 주민의 통합과 통일의 상징효과를 극대화하기 위해 필연적으로 서울과 평양이 아닌 제3의 장소에 신수도를 건설하지 않으면 안될 것이다. 이러한 점에서 보면, 충청권 신행정수도 건설은 - 더욱이 그것이 종합적인 단일수도 형태라면은 - 대표적인 국력 낭비사업으로 전락되어 국가적 골칫거리가 될 수도 있다는 점이다.
행정수도 이전에 대한 이러한 세 가지 사항은 모두 국민적 합의를 도출하기에 어려운 것들이다. 따라서 이러한 점을 충분히 고려해 볼 때, 행정수도 이전이 추구하는 목적을 달성할 수 있으면서도 보다 용이하게 국민적 합의를 통해 실현 가능한 정책대안은 중앙부처의 지방분산 안이다. 이 안은 서울을 통일 전까지 잠정적인 수도 기능을 유지하도록 하지만 굳이 수도에 있을 필요가 없는 중앙부처들은 과감히 지방 대도시로 분산이전 하자는 것이다. 이 경우 중앙부처의 이전은 각 지방도시와 인근지역의 산업여건과 주변환경을 감안하여 이전되어야 할 것이다. 가령, 대전에는 교육인적자원부와 과학기술부 및 여성부가, 대구에는 산업자원부와 정보통신부 및 노동부가, 광주에는 농림부와 문화관광부 및 보건복지부가, 부산에는 해양수산부와 건설교통부 및 환경부가 이전 대상부처로 고려될 수 있을 것이다. 이와 같은 중앙부처의 분산이전은 관련 대기업 본사의 이전을 유발하여 이들 지방 대도시의 중추관리기능을 강화시켜 줄뿐만 아니라 세계적 지방화(glocalization)시대에 요구되는 지방 대도시의 세계적 산업경쟁력까지도 강화시켜 이들 도시가 세계도시(world city, global city)또는 세계도시지역(global city-region)으로 발전하는 데에도 크게 기여할 것이다.