시작전통제권 보유는 한국의 군사주권을 훼손시키고 있다는 비판도 있고 주일미군과의 형평성도 문제가 되고 있다. 아울러 SOFA의 개정문제도 현안문제로 떠올라 있다.
이와 관련하여 남북한관계의 개선과 한반도 평화정착이 이루어져 어떤 형태로든 주한미군의 위상과 역할이 조정된다면, 주한미군과 연계성을 갖고 있는 주일미군도 영향을 받지 않을 수 없게 될 것이다. 미일 안보조약에서는 주일미군의 주둔 근거에 대해 한반도를 포함한 극동지역의 안보위협에 대처하기 위함이라는 소위 '극동조항'을 명분으로 삼고 있기 때문이다. 한반도에서 남북관계의 급진전으로 평화공존체제가 확립된다면 주한미군의 지위변경 문제가 제기될 것은 물론이고, 오키나와 주일미군의 기지축소와 병력감축 문제도 제기될 가능성을 배제할 수 없게 될 것이다.